El territorio que ocupa el actual municipio de José María Morelos, estuvo habitado desde antes de la llegada de los españoles por indígenas mayas. Cuando los conquistadores españoles llegaron a la península de Yucatán al mando del adelantado Francisco de Montejo en 1527, el territorio que actualmente corresponde al estado de Quintana Roo estaba ocupado por los cacicazgos de Ecab, Cochuah, Uaymil y Chactemal, que surgieron al desintegrarse la liga o confederación de Mayapán en el año de 1194. El territorio municipal está emplazado en lo que se denominó el cacicazgo de Cochuah a la llegada de los conquistadores de Yucatán a principios del siglo XVI. Entre las localidades más importantes de Cochuah, se encontraban Huay Max y Sacalaca, que le pertenecen al municipio de José María Morelos.

En el año de 1544, Gaspar Pacheco logró ser nombrado encomendero por el adelantado Francisco de Montejo. Durante este periodo la población se dedicaba a la producción agrícola, que en muchos casos fracasaba debido al medio natural. La explotación de los indígenas prosiguió en la época independiente, llevando al levantamiento armado conocido como “Guerra de Castas”, en 1847. Tras una serie de éxitos, los mayas fueron replegados por las tropas gubernamentales a la zona central de Quintana Roo, lo que hoy es Felipe Carrillo Puerto y José María Morelos. Donde establecieron una economía que les permitió comprar armas a los ingleses para seguir su lucha. En 1893, se resuelven los problemas limítrofes entre México y Belice y los mayas pierden el apoyo de los ingleses; siendo derrotados en 1895 por fuerzas del general Ignacio Bravo.

Al inicio del siglo XX perduró una economía agrícola y forestal basada en la producción de chicle, artículo demandado en el mercado estadounidense. La producción se encontraba en la zona conocida como Santa Cruz.

En 1974 tras la creación del Estado Libre y Soberano de Quintana Roo, fue erigido el municipio de José María Morelos; Dziuché debido a su actividad económica, comercial y turística fue en un principio la localidad contemplada para ser cabecera municipal, sin embargo con el fin de equilibrar la economía del municipio naciente fue Kilómetro 50 la localidad designada como cabecera convirtiéndose en la ciudad de José María Morelos y Dziuché pasó a ser así la segunda población más importante del municipio.